Pojem naravne vrednote običajno razumemo na dva načina, ki se lahko med sabo prekrivata ali pa sploh ne. Laično pojmovanje razume naravno vrednoto kot povsem nesistemsko kategorijo, označuje jo nadpovprečna subjektivna vrednost. Manjše jezero, razgledna točka na vrhu hriba, večji predel gozda, pečina, jama itd. lahko imajo za lokalne prebivalce izreden naravovarstveni pomen, na širšem regionalnem ali državnem nivoju pa po prej navedenih merilih ne odstopajo in jih zato pravno formalno ne moremo imenovati in obravnavati kot »naravno vrednoto«. Nikakor pa se tudi na ta način razumljene naravne posebnosti ne smejo prezreti in se morajo upoštevati pri naravovarstveni presoji.

Za upravljanje zavarovanega območja je pomemben drugi pomen, pri katerem gre za tiste dele žive in nežive narave, ki so po veljavnih kriterijih pravno formalno razglašeni kot »naravna vrednota«.

O zvrsteh naravnih vrednot govori posebna uredba, ki jo je izdala Vlada RS. Med nje spadajo: površinska geomorfološka NV, podzemeljska geomorfološka NV, geološka NV, hidrološka NV, botanična NV, zoološka NV, ekosistemska NV, drevesna NV, oblikovana NV, krajinska vrednota. Merila njihovega vrednotenja so izjemnost, tipičnost, kompleksna povezanost, ohranjenost, redkost, ekosistemska pomembnost, znanstveno-raziskovalna pomembnost, pričevalna pomembnost in mednarodna pomembnost. Tako razglašene naravne vrednote se potem delijo na naravne vrednote državnega pomena in naravne vrednote lokalnega pomena. Vse naravne vrednote, razglašene na območju narodnega in regijskih parkov, se smatrajo kot naravne vrednote državnega pomena. To je z vidika varstva narave lahko zelo pomembno, saj bodo za ohranitev naravnih vrednot državnega pomena veljali posebni zakonski in podzakonski akti, s katerimi jih bo moč uspešneje varovati.

Znotraj meja Kozjanskega parka je 89 naravnih vrednot, ki so statusno različno opredeljene.