Habitat ni določen z velikostjo ali s sposobnostjo samouravnave (kar velja za ekosisteme), ampak je to tisti večji ali manjši prostor, ki neki rastlini ali živali predstavlja njen »dom«. Gozdnih združb je v parku vsaj 6, med njimi je verjetno najzanimivejša Vicio oroboidi-Abietum nad Zagorjem in dokaj razširjena Haquetio-Fagetum. Traviščnih združb je blizu 30, predvsem iz skupin Brometalia erecti, Molinietalia, Arrhenatheretalia, Phragmiti-Magnocaricetea, Filipendulion, Petasition officinalis idr. Te združbe pokrivajo tako vlažna nižinska območja, kot tudi suha, višje ležeča predalpska območja, ekstenzivno obdelovane površine ter površine, ki so pod močnejšim vplivom delovanja človeka. V Kozjanskem parku so visokodebelni sadovnjaki najpomembnejši habitat ogroženih vrst ptic, pomembni pa so tudi ekstenzivni travniki, tako vlažni, ki jih lahko najdemo več ob Sotl, ter suhi, ki jih je več na pobočjih Vetrnika, Oslice in Orlice.